A Assembléia Geral, se reúne trienalmente, é o órgão supremo de decisões da IPU e é constituída de representantes das igrejas e dos presbitérios.

As igrejas comparecem à Assembléia Geral com o máximo de quatro de seus eclesianos, nomeados e credenciados para representá-las, e os presbitérios com no máximo de dois representantes, credenciados por seus respectivos concílios, sem que haja simultaneidade de representação de igrejas e presbitérios.

Compete à Assembléia Geral:

  1. Registrar a filiação e o desligamento de igrejas locais e decidir sobre a admissão, demissão ou exclusão e presbitérios;
  2. Eleger o Conselho Coordenador da IPU e a Comissão de Exame de Contas;
  3. Tomar medidas administrativas com relação aos membros do Conselho Coordenador, podendo até afastá-los, destituí-los ou substituí-los;
  4. Aprovar relatórios, atas e balanços que lhe forem encaminhados pelo Conselho Coordenador;
  5. Referendar, aprovar, reformar ou anular atos do Conselho Coordenador;
  6. Deliberar sobre questões financeiras, orçamentárias, compra e venda de imóveis, gravação de propriedade e bens, emissão de títulos de crédito, garantias civis e cambiais;
  7. Reformar o estatuto, estes Princípios de Fé e Ordem, e regimentos internos.