A IPU é administrada, no interregno de suas assembleias gerais ordinárias, por um Conselho Coordenador constituído de cinco membros titulares, além dos suplentes, eleitos em assembléia geral para um mandato de três anos.

Os atuais membros do Conselho, com mandato de 2020 até 2023, são:

Moderadora – Rev. José Roberto da Silva Cavalcante (PCRJ)
Vice-moderador – Rev. Wilson Lords Torres (PVTR)
Tesoureira – Presbª. Cristiane Correia Monteiro (PEB)
1°. Secretário – Rev. José Augusto Amorim Cunha Júnior  (PSVD)
2°. Secretário – Rev. Francisco Benedito Leite (PJDI)
1°. Suplente – Rev. Cláudio Luiz dos Santos Lima (PSPL)

O Conselho Coordenador é formado de um representante de cada Presbitério da IPU, jurídica e eclesiasticamente constituído, escolhido por um sistema de representação conciliar regional. Cada Igreja local escolhe em AGE, dentre seus pastores e presbíteros, seu representante pré-candidato ao CC-IPU, e o encaminha ao seu Presbitério. Os Presbitérios ao receber os representantes pré-candidatos de cada Igreja, escolhem dentre eles, em AGE, os seus candidatos ao CC-IPU. Cada Presbitério encaminha o nome do seu candidato ao CC-IPU acompanhado de “curriculum vitae”, foto e cópia dos documentos RG, CPF e outros, até 90 dias antes da AGO. A eleição é eleita cargo a cargo na seguinte ordem, moderador, vice moderador, 1º e 2º secretários, tesoureiro e os suplentes pelo número de votos.

As funções do Conselho Coordenador são:

1. administrar a IPU no interregno das assembleias ordinárias;
2. convocar as assembleias gerais;
3. nomear comissões de expediente e outras das assembleias gerais;
4. executar e fazer executar fielmente as resoluções tomadas pelas assembleias gerais;
5. nomear, quando necessário, assessores para os vários setores de trabalho da IPU;
6. receber e examinar todos os relatórios da tesouraria, das assessorias, dos representantes, das comissões de trabalho e de outros organismos da IPU, encaminhando-os à Assembléia Geral Ordinária quando necessário;
7. dar parecer e encaminhar à Assembléia Geral Ordinária pedidos de inclusão ou exclusão de igrejas e presbitérios, bem como propostas e consultas enviadas pelos mesmos;
8. encaminhar à Assembléia Geral Ordinária o relatório de suas atividades, o seu Livro de Atas, o balanço do triênio devidamente assinado por profissional habilitado, e a proposta orçamentária para o triênio seguinte;
9. nomear procurador e/ou representante para defender ou tratar de seus interesses, quer jurídicos, quer administrativos, bem como das comunidades locais, quando por elas solicitado;
10. sempre que possível, pôr-se em contato com igrejas e presbitérios, no propósito de ressaltar e manter a unidade da IPU;
11. determinar um fundo fixo em poder do tesoureiro e designar o banco em que deva ser aberta a conta;
12. pronunciar-se sobre assuntos surgidos nos interregnos das assembleias, “ad referendum” da assembléia geral.