A IPU é administrada, no interregno de suas assembléias gerais ordinárias, por um Conselho Coordenador constituído de cinco membros titulares, além dos suplentes, eleitos em assembléia geral para um mandato de três anos.

Os atuais membros do Conselho, com mandato até julho de 2011, são:

Moderador: Rev. Enoc Teixeira Wenceslau (PRNV)

Vice-Moderador: Presb. Nilton Emmerick Oliveira (PVTR)

1o. Secretário: Rev. José Roberto da Silva Cavalcante (PCRJ)

2o. Secretário: Rev. Carlos Alberto da Silva (PJDI)

Tesoureiro: Presb. Milton Oliveira Cavalcanti (PSVD)

Suplente: Rev. Cláudio da Chaga Soares (PSVD)

Suplente: Revda. Nilda Mendes (PCNES)

A partir de 2011, o Conselho será eleito no início da Assembléia Geral Ordinária, logo em seguida à abertura, objetivando que o CC-IPU eleito possa acompanhar todos os trabalhos de direção da AGO, facilitando e aumentando o tempo de transição, tão necessário entre os Conselhos. A posse do novo CC-IPU acontecerá no Culto de Encerramento da AGO da IPU.

O Conselho Coordenador será formado de um representante de cada Presbitério da IPU, jurídica e eclesiasticamente constituído, escolhido por um sistema de representação conciliar regional. Cada Igreja local escolherá em AGE, dentre seus pastores e presbíteros, seu representante pré-candidato ao CC-IPU, e o encaminhará ao seu Presbitério. Os Presbitérios ao receber os representantes pré-candidatos de cada Igreja, escolherão dentre eles, em AGE, os seus candidatos ao CC-IPU. Cada Presbitério encaminhará o nome do seu candidato ao CC-IPU acompanhado de "curriculum vitae", foto e cópia dos documentos RG, CPF e outros, até 90 dias antes da AGO. A eleição será cargo a cargo na seguinte ordem, moderador, vice moderador, 1º e 2º secretários, tesoureiro e os suplentes pelo número de votos.

As funções do Conselho Coordenador são:

a) administrar a IPU no interregno das assembléias ordinárias;

b) convocar as assembléias gerais;

e) nomear comissões de expediente e outras das assembléias gerais;

d) executar e fazer executar fielmente as resoluções tomadas pelas assembléias gerais;

e) nomear, quando necessário, assessores para os vários setores de trabalho da IPU;

f) receber e examinar todos os relatórios da tesouraria, das assessorias, dos representantes, das comissões de trabalho e de outros organismos da IPU, encaminhando-os à Assembléia Geral Ordinária quando necessário;

g) dar parecer e encaminhar à Assembléia Geral Ordinária pedidos de inclusão ou exclusão de igrejas e presbitérios, bem como propostas e consultas enviadas pelos mesmos;

h) encaminhar à Assembléia Geral Ordinária o relatório de suas atividades, o seu Livro de Atas, o balanço do triênio devidamente assinado por profissional habilitado, e a proposta orçamentária para o triênio seguinte;

i) nomear procurador e/ou representante para defender ou tratar de seus interesses, quer jurídicos, quer administrativos, bem como das comunidades locais, quando por elas solicitado;

j) sempre que possível, pôr-se em contato com igrejas e presbitérios, no propósito de ressaltar e manter a unidade da IPU;

k) determinar um fundo fixo em poder do tesoureiro e designar o banco em que deva ser aberta a conta;
1) pronunciar-se sobre assuntos surgidos nos interregnos das assembléias, "ad referendum" da assembléia geral.