A IPU tem um Conselho Consultivo, composto pelos moderadores dos Presbitérios, o qual se reúne, pelo menos, uma vez por ano às expensas dos Presbitérios. Os membros do Conselho escolhem entre si um Moderador e um Secretário.

Compete ao Conselho Consultivo:

1. assessorar o Conselho Coordenador no desempenho de suas funções administrativas;
2. analisar e aprovar uma proposta de orçamento para a IPU, a partir de relatório preparado pelo Conselho Coordenador, encaminhando-o à Assembléia Geral;
3. analisar e dar parecer à Assembléia sobre o relatório do Conselho Coordenador da IPU.

Os atuais membros do Conselho Consultivo são:

Moderador – Rev. Renato Navarro (PJDI)
Secretário – Presb. Gilberto Daré (PSPL)

Rev. Balnires França dos Santos (PCRJ)

Rev. Marcos Paulo Medeiros (PRNV)

Rev. Cláudio Rebouças (PSVD)

Rev. Manoel Miranda (PVTR)

Revda. Nilda Mendes (PCNES)

Presb. Lucinéa Guedes (PEB)